种植芽苗菜怕的，莫过于在采收阶段发现芽苗菜被病害侵害，辛辛苦苦种植的芽苗菜被丢弃，所有努力与投资也将付之一炬。所以，种植芽苗菜一定要做好病害预防的措施。
种植芽苗菜要采用抗病品种，提高栽培管理水平，严格进行水分和温度管理，并对栽培场所、栽培容器和种子进行严格，栽培场所可用45％百菌清烟剂密闭薰蒸8～12小时；栽培容器可用0.2%漂白粉溶液浸泡30分钟；种子可用0.1%漂白粉溶液浸泡(浸种吸胀后)10分钟或3%石灰上清液浸泡5分钟进行。苗盘内出现少量病害芽苗应及时，出现大量病害芽苗应整盘销毁。芽苗生长过程中严禁使用农药、化肥及外源。