棉花受涝渍后根系、叶片等器官的功能和生长发育受到严重影响，会造成棉花枯萎病和黄萎病发生加重。关于棉花防治枯黄萎病的防治措施如下：
棉花现蕾至开花期易发生枯萎病和黄萎病，此时遇连续暴雨天气，地面径流大，有利于病菌传播，加上温湿度条件适宜，病情会迅速发展。当前对零星发病的田块，应及时拔除病株，并运出田外深埋或烧毁。棉花枯萎病和黄萎病发病率高的田块，应在清理重病株的同时配合药剂防治，可以每亩用50%多菌灵可湿性粉剂100 克，或12.5%多·水杨酸悬浮剂100毫升，或碧秀丹50%氯溴异氰尿酸可溶性粉剂20克等，与黄腐酸和绿风95等叶面肥混合喷雾，并对病株浇灌1%硫 酸铵溶液或2%碳酸氢铵溶液与50%多菌灵可湿性粉剂（1000倍液）的混合液，以控制病情发展，促进植株生长健壮，提高抗病和补偿能力。
棉田遭受涝渍害后应及时采取措施补救，促进棉株快速恢复生长，同时防范病害的影响，才能减小危害。