氟磺胺草醚是一种具有高度选择性的大豆、花生田苗后除草剂，能有效地防除大豆、花生田阔叶杂草和香附子，对禾本科杂草也有一定防效。但是，施用不当易发生药害。
（1）对大豆的药害。氟磺胺草醚在大豆苗后真叶期至1片复叶期使用，每亩有效成分用量在16克以下时对大豆，用药量过大或施药不匀易造成药害。此外，在高温（气温28℃以上）低湿（相对湿度65%以下）条件下施药，也容易产生药害。受害大豆植株叶片被灼伤，不能进行光合作用，根部难以从土壤中吸收矿物质营养。
（2）残留药害。氟磺胺草醚在土壤中的残留期较长，大豆田过量用药会对后茬敏感作物造成药害，导致植株生长受抑制，出现叶片扭曲下垂、叶色失绿等症状，受害严重时植株死亡。在旱田中的降解速度比水田慢，因而药害更重。通常每亩用氟磺胺草醚纯药25克，后茬种小麦、大麦需间隔4个月，种水稻、棉花、花生、豌豆、菜豆、烟草、甘薯等需间隔12个月，种亚麻、苜蓿、番茄、洋葱、南瓜、西瓜、辣椒、茄子、白菜、萝卜、胡萝卜、甘蓝、黄瓜等需间隔18个月，种甜菜、油菜、向日葵、马铃薯、高粱等需间隔24个月。
氟磺胺草醚在土壤中持效期长，如用药量偏高，对第二年种植敏感作物，如白菜、谷子、高粱、甜菜、玉米、小米、亚麻等均有不同程度药害在推荐剂量下，不翻耕种玉米、高粱，都有轻度影响。我们应严格掌握药量，选择后茬作物。