要提高单位面积上的产量和经济效益，更为重要的是要有利于烟叶品质形成与提高，这是烤烟施肥的终目的和烤烟产品质量的终体现。烟叶产质量是土壤、气候环境与人为因素（品种、施肥等）综合作用的结果。在这一体系中，施肥是的可变因素，施肥首先影响土壤环境，进而影响烟叶产质量，三者之间存在着必然的联系。而且，土壤与施肥问题是决定烟草生产能否持续、稳定发展的重要因素。
一、烤烟施肥量的确定
1、
氮肥用量的确定
氮肥在烟叶产量、产值形成过程中具有较大作用。在生产上常常出现氮肥施用过多的情况，氮肥施用过多，尽管烟叶产量随着提高，但当施氮量超过一定限度后，肥料效益即亩产值减去成本明显降低，烟叶品质变差。经多年多点试验，在精耕细作的条件下，中等肥力土壤上种植烤烟k326、云烟85、v2、云烟87 等需肥量大的品种，适宜的施氮量一般为7～9k/亩；红大、g28等需肥量少的品种为4～6k/亩，其中，红大为4～5k/亩，g28为5～6k/ 亩。
2、
磷肥用量的确定
氮磷比（n：p2o5）可普遍地由过去的1：2降至1：0.5～1.0。在一般情况下，如施用了12-12-24、10-10-25、 15-15-15的烟草复合肥后，就不必再施用普钙或钙镁磷肥；如施用的的烟草复合肥是硝酸钾，每亩施用普钙或钙镁磷20～30 k，就可满足烤烟生产的需要。磷肥可根据土壤分析结果和所用复合肥进行有针对性地施用。
3、钾肥用量的确定
从施钾水平来看，当施钾量（k2o）达20 k/亩以上，烟叶钾含量并不随施钾量的增加而提高。此外，施用氮肥和钾肥的比例还与氮肥用量有很大关系，在低施氮水平下的钾肥配比要高于高施氮水平下的钾肥配比，如种植红花大金元、g28等品种，施氮4～6 k/亩，氮钾比（n：k2o）应采用1： 2.5～3.0：如种植k326、云烟85、云烟87、v2等品种，施氮7～9 k/亩，氮钾比可采用1：2.5～3。总之，每亩施钾量可掌握在 15～20公斤范围内。
二、烤烟施肥方法
掌握恰当的施肥方法可以提高烤烟产质量和肥料利用率。
1、氮、磷、钾肥的施用
（1）复合肥和硫酸钾应根据地下水位和肥力高低而定，提倡少施或不施塘肥（土壤肥力低则少施，土壤肥力高则不施），重条施或追肥（地下水位低则重条施，如地烟和山地烟；地下水位高则重追肥，如田烟）。地烟可用1/3的复合肥和硫酸钾作条施，1/3作塘肥，1/3在移栽后15～20天作追肥。田烟则以 1/3的复合肥和硫酸钾作塘肥施用，2/3作追肥。
（2）普钙或钙镁磷肥适宜作条施，即理墒前均匀撒施于烟墒底部，可以提高肥效。另外，钙镁磷肥属碱性肥料，不宜与复合肥或硫酸钾等酸性肥料混合施用，以免发生化学反应而降低肥效，并且在酸性土壤上施用效果较好。
（3）要防止肥料与烟株概系直接接触，可采用环状施肥，使肥料与烟株保持10～15m的距离，以免烧苗。特别是一次性施肥的地膜烟，更要注意这个问题。
2、中微量养分的施用
烤烟中微量养分的施用量一般都较低，但在烤烟生长发育和品质形成中具有不可忽视的生理作用。中微量养分的施用应以“缺什么，补什么”为原则。云植烟土壤和烟叶普遍缺镁、缺硼，局部缺钼、缺锌，这几种缺素症状的防治方法如下：
缺镁：用0.2～0.5%的硫酸镁溶液进行2-3次喷施或每亩施用硫酸镁10-15k
缺硼:：用0.1～0.25%的硼砂溶液叶面喷施或每亩用0.5公斤的硼砂与其它肥料混合施用
缺钼：用0.05～0.1%的钼酸铵喷施2～3次。
缺锌：用0.1～0.2%的硫酸锌溶液叶面喷施2～3次。
3、饼肥的施用
饼肥（主要是菜籽饼）含氮量一般为4～5%，每亩适宜施用量为20～30k。饼肥施用过多，往往会使中上部叶晚熟而烟碱含量进一步提高。