牡丹的花芽为混合芽，能抽枝、长叶、开花。而牡丹每年发芽后半个月左右要进行一次适当的修剪，不修剪容易长成牡丹不开花或则开花小，因此牡丹每年要进行一次适当的修剪。
一般的修剪方法：首先把弱枝全部去掉，只留枝条粗壮的。然后每个枝条上只留一个花蕾比较强壮的。非常强壮的枝条留2个比较大的花蕾也可以。然后就是叶子方面，牡丹叶子一般一个枝条上只留5--7片叶子就可以，把多余的叶子全部去掉。
牡丹一般在3--50年时开花。生产上一般在萌芽前，并对部分老枝短截或“回缩”复壮，保持株形整齐；萌芽后，及时疏除过密的枝条、侧芽，留壮去弱，保持通风透光;3月中旬至5月上旬，摘掉花蕾和部分开花牡丹的残花，减少养分消耗；秋末，剪掉弱枝、病枝、枯枝、残叶，及时清园并集中烧毁，减少病虫的发生。一般芍药不需要以上的修剪过程。
牡丹应当及时除去繁枝赘芽、枯枝、病虫枝，维持地上部分与地下部分的动态平衡，保持植株有均衡适量的枝条和美观的株形，使其通风透光，养分集中，才能生长旺盛，开花繁茂一致。