在野生环境中自然生长发育、非人工栽培种植的茯苓，则为野生茯苓。野生茯苓一般生活在较老的松树林，或人工载种茯苓场附近的松林中，一年四季均可进行寻找采集。下面介绍如何采挖野生茯苓。
生长有野生茯苓树桩周围的松树，有明显的枯萎或衰败迹象。有的树桩靠近地面处有白色或淡棕色的菌丝，揭开树根皮，可见黄白色浆液渗出。有的树桩烂后有黑褐色的横线裂纹。长有野生茯苓的树桩周围地面，常有白色或淡棕色的菌丝或菌丝膜状物。小雨后该地面干燥较快，并有不长草的地方和不规则的裂隙（俗称龟裂级），敲打此处地面会发出空响声。此时用探试器插入地下再拔出，若发现其上部有芋状块物或顶端沾有茯苓的粉末时，即可挖掘采集得到野生茯苓。
野生茯苓一般比人工培植的茯苓个小，但质地坚实、体重，浆汁较少。采挖的野生茯苓可加工成为药材（其产地加工方法与栽培茯苓相同），老产区采集的野生茯苓，多为家种茯苓菌丝蔓延生长遇到适宜的条件而结成的菌核。一般可用于扩大生产或做分离菌种使用。新产区采集的野生茯苓，一般不做菌种使用。