番木瓜植株生长快，早熟品种，种植后45～50天开始现蕾，全年开花结果，所需大量和微量元素必须供应充足才能满足正常生长和开花结果。国外研究表明，每年生产100万千克鲜果带走的养分为氮112千克、磷9.9千克、钾178.5千克、钙9.43千克、镁40.71千克、硼0.161千克、铁 0.1909千克、锌0.1173千克、钼0.0025千克、铜0.0276千克、锰0.0299千克、钠3.0889千克。其氮、磷、钾、钙、镁的比例为1：0.09：1.59：0.08：0.36。海南大部分果园的土壤中钾、硼均较缺乏，因此生产中应重视施用钾肥和硼肥。番木瓜平衡施肥试验的施肥配比为：整个年生长期（1～12月）氮、磷、钾的比例是1：0.9：1.1，其中营养生长期氮、磷、钾的比例是1：1：0.5（含基肥），生殖生长期氮、磷、钾的比例是1：0.8：1.5。氮、磷、钾主要靠根系从土壤中吸收，需要量大，必需通过合理施肥才能满足速生、优质的需要，硼肥则通过土壤和叶面喷施来满足。
如何确定各生长期的施肥量、施肥时期及方法，原则上是：苗期勤施薄肥，现蕾期、幼果期、盛果期重施。以农家肥为主，化肥为辅，
有机肥和无机肥相结合。生产上多以有机肥为基肥，有机水肥为追肥，
化肥为补肥。
施肥方法：叶面肥喷施、化肥浅沟施或撒施，一般幼树用环沟施，沟深10 厘米，宽15 厘米，沿滴水线施后覆土；三个月大的壮树，在植株两侧沿滴水线挖浅沟施肥后覆土。施肥时不要灼伤茎、叶。一般干旱季节兑水浇施，雨季或喷灌撒施后浇水，效果较好。有机肥中的饼肥或农家肥需沤熟20天后水施。