配方施肥是以土壤测试和
肥料田间试验为基础，根据作物需肥规律、土壤供肥性能和肥料效应，在合理施用有机肥料的基础上，提出氮、磷、钾及中、微量元素等肥料的施用数量、施肥时期和施用方法。通俗地讲，就是在农业科技人员指导下科学施用配方肥。测土配方施肥技术的核心是调节和解决作物需肥与土壤供肥之间的矛盾。同时有针对性地补充作物所需的营养元素，作物缺什么元素就补充什么元素，需要多少补多少，实现各种养分平衡供应，满足作物的需要；达到提高肥料利用率和减少用量，提高作物产量，改善农产品品质，节省劳力，节支增收的目的。
苦瓜、丝瓜无公害高产栽培的施肥配方，主要依据不同品种苦瓜、丝瓜在不同生育时期的营养特性，土壤的养分状况、供肥性和理化性状，气候条件，肥料品种特性等确定。配方施肥还须同其他农业技术措施，如耕作、灌溉、病虫害防治等密切结合起来，才能收到良好的效果。苦瓜、丝瓜的配方施肥尚缺乏相关的试验研究。
参照有关单位对蔬菜摄取土壤氮素的类型划分，苦瓜属于高氮型的蔬菜：即生产出1000千克苦瓜，平均需从土壤中吸取5.277千克氮，1.761千克磷，6.666千克钾。测试时苦瓜每亩的产量水平在1500～2500千克。苦瓜、丝瓜均以果实为产品，适宜在幼果期进行根外追肥。
保护地设施内生产无公害苦瓜、丝瓜的需肥规律与露地有所不同，主要是前期生长慢，需肥较少，随着生育期的推进，生长速度加快，对养分吸收强度亦相应增大；在生长前期；土壤养分供给量较大，随着生育进程，养分供给量逐渐减少，后期尤为突出。因此，苦瓜、丝瓜对养分的吸收与土壤养分的供给间矛盾较为尖锐，生产中如按露地栽培办法进行施肥，往往出现早期旺长，后期脱肥早衰，导致减产。
在保护地内的施肥原则应掌握以农家肥为主，化肥为辅；农家肥与磷、钾肥及少量氮肥尿素全层基施，其余氮素化肥随水深施。追肥时间，以采收始期至采收盛期较好，追肥量应是前轻后重，有条件可选用碳氮比率较大、腐熟的农家肥或缓效化肥。但不宜施用氮肥增效剂。