常见的天然肥料有：畜粪、禽粪、鸟粪、鱼粪、骨渣、落叶、干草、草木灰、锯木屑、棉籽、糠秕果壳、庄稼残梗、海藻、各种绿肥、碱性熔渣、泥炭苔，以及各种天然矿石粉。
各种粪肥都含氮、磷、钾，其中氮为主要。另外，鸟粪、禽粪中还含有丰富的磷，羊粪含丰富的钾。
骨渣中主要含钙和磷，也含有少量的氮。
落叶中含有氮、磷、钾，还含一些钙、镁和多种微量元素。落叶腐烂后呈酸性，因此非常适合给那些喜酸性土壤的蔬菜做覆盖物。
棉籽中氮量很高，也含有少量磷和钾。棉籽偏酸性，对那些喜酸性土壤的蔬菜，棉籽是很的覆盖物。
糠秕果壳可作极好的覆盖物，它们含有一些钾、氮和其它元素。
豆科植物的残渣（如豆渣、花生渣等）、残梗含氮量很高。豆科绿肥含氮量也很高。
干草除了含有一些氮，还含有一些微量元素。
泥炭苔本身不含什么营养，但是有很好的吸水性，能增加土壤透气性、排水性，并能帮助植物更好的吸收养料，因此是极好的覆盖物，也可用来配制育苗土。
锯木屑单独施用会使土壤变酸，另外腐化时需要吸收土壤中的氮，所以要与粪肥和石灰石粉一起施用。把锯木屑撒在畜棚或禽房地上，一来可以使地面保持干燥清洁，二来粪尿可以提供锯木屑腐化分解时所需的氮。
海藻中含有丰富的钾和多种微量元素。不过一定要先把海藻上的盐分洗去，才能做肥料。
草木灰中含磷和钙。可用来中和土壤中过多的酸。
碱性熔渣又称托马斯磷肥，主要含钙，磷，还含有硼、钠、钼、铜、锌、镁、锰、铁等微量元素。
天然矿石中，磷灰石粉可做磷肥；海绿石砂富含钾，还含有多种的微量元素，还有很强的吸水性；石灰石含钙量很高；天然硫磺矿石含硫；花岗岩石中主要含钾、钠、钙、铝硅酸盐，可以提供钾、钠、钙等元素；玄武岩石主要含铁、镁、钙硅酸盐，可以提供铁、镁、钙等元素；白云石主要含钙、镁碳酸盐，可提供钙和镁。
由于天然矿石粉的溶解度很低，所以一般不用担心过量。石灰石粉和硫磺矿石粉是用来调节土壤酸碱性的，用量要适当。另外，矿石粉和粪肥一起施用会更有肥效。因为粪肥腐烂分解后产生的腐植酸，能从矿石粉中溶解释放出植物生长所需的元素；而矿石粉则能促进土壤中微生物的活动，加快粪肥的腐烂分解，释放出其中的养分，供植物吸收。