微生物肥料有特定的施肥要求。
一是避免开袋后长期不用，如果开袋后长期不用，其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其效果。
二是避免在高温干旱条件下施用。在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖就会受到影响，不能发挥应用的作用。应选择阴天或晴天的早晨、傍晚施用这类
肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
三是避免与未腐熟的农家肥混用。微生物与未腐熟的有机肥堆沤或混用，会因高温杀死微生物，影响其肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合施用。
四是避免和农药同时施用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。若要施用农药，也应将施用时间错开。不能用过拌过杀虫剂、剂的种子拌微生物肥料。
五是微生物肥料主要基肥或种肥施用，不宜叶面喷施。施用微生物肥料，不能代替施用化肥。