秸秆还田的田块，一般在上水后7-10天田间秸秆大量腐烂，上水后1个月左右秸秆才能完全腐烂。秸秆腐烂会消耗土壤中的氧气，在田面有水的情况下常致田间土壤缺氧。在缺氧条件下，秸秆腐烂会产生硫化氢等有毒气体。硫化氢具臭鸡蛋味，对水稻根系有很强的毒害作用，受害秧苗根系发黄，严重时根系变黑腐烂，叶片发黄、枯死。秸秆还田的田块，应在水稻移栽后注意观察，发现田间有大量气泡冒出，特别是带臭鸡蛋味时，应及时排水露田，让空气中的氧气进入土壤，氧化其中的硫化氢等有毒物质，使其失去毒性。如果等秧苗叶片发黄甚至枯死后再脱水，此时秧苗根系已严重中毒，较难恢复，即使能恢复，其生长和分蘖也会受到严重影响。移栽稻有效分蘖期短，一般到7月中旬进入有效分蘖终止期，如果前期不能及时分蘖，难以保证足够的群体，终会引起成穗数不足，产量低。
对上述受害田块，当务之急是排水。在田间开丰产沟，使田水尽快排出。考虑到水稻根系受损，吸收功能下降，为促进
水稻尽快恢复，在排水后及早喷施复硝酚钠(爱多收等，具有促进根系生长和秧苗恢复的作用)等生长调节剂，并加1%的磷酸二氢钾和1%的尿素混合喷雾。以后对群体恢复较慢的田块，应适当增施复合肥促进分蘖，适当推迟搁田，分次轻搁，早施拔节孕穗肥促进动摇分蘖成穗，保证有足够的成穗数，减少产量损失。