1、造成土壤各类养分比例失调。化肥基本上是单质
肥料，施入土壤后，打破了土壤原有的养分平衡，长期过量施入而不补充有机物，土壤有机质消耗过度，养分比例失调反过来影响化肥的肥效。
2、农田生态系统遭到破坏。过度施入化肥，通过淋失、挥发和固定，大量的化学物质进入土壤、空气和水系，致使环境状况逐渐恶化，特别是水系化学物质的增加，富营养化严重影响人身。
3、土壤理化性状恶化。长期施用化肥，土壤有机质下降，团粒结构性能降低，土壤板结现象加剧，保肥保水能力降低。
4、土壤微生物区系遭到破坏。过量化肥，尤其是氮肥对微生物具有杀伤作用和抑制作用，长期施用，大量的微生物死亡，土壤微生物区系发生变化，许多有益微生物从优势种群变为次要种群，作物易发生各类病害。
5、农产品品质下降。化肥的肥效较快，对作物前期生长作用明显，而对作物养分积累下利，化肥部分物质被作物吸收积累到植物体中，影响产品品质。