1、与禾本科作物三年以上轮作，以避菌源： 发病田应在收割后进行深翻，将菌核埋入土壤深层，并将病残体清出田外，减少菌源；选用抗病品种、精选
种子，剔除病斑粒、菌核块及虫食粒、杂质等，要求净度97%以上，发芽率95%以上，含水量低于13%；合理施肥，培育壮苗，增强抗病能力，有机肥要彻底发酵，杀死病源菌，N、P、K合理搭配；合理密植：根据品种的特性合理密植；大豆发病后及时进行中耕培土，能促进生根，同时将菌核埋入土壤深层，减轻病情；组织农户做好田间调查，对重点地块认真巡查，发现病株要及时拔除，带出田外深埋处理。
2、在及时进行田间巡查基础上，要做到在发病早期喷药防治。在发病面积较大时，不但要及时拔除病株，还要对病株周围喷药保护。需要全田喷药保护时，应采用机动式弥雾机，喷口向下作业，确保中下部植株叶片着药或使用自走式高杆喷雾机喷洒药剂。根据各地防效调查，目前对菌核病防效较好的药有50%腐霉利、40%菌核净、25%咪鲜胺、50%异菌脲,每公顷用量1.5公斤，对水喷雾，隔7天用药一次。