棉花烂铃主要有两大原因。一是病害引起烂铃，如角斑病、疫病、炭疽病、红腐病、红粉病、黑果病等。病菌附着在种子上或带病的铃壳的残体上及遗留在田间越冬，第二年病菌借气流、雨水、昆虫传播，由虫孔、病斑、机械伤口、棉铃裂口侵入，或直接侵入，引起烂铃。若八九月份多雨，湿度大，天气闷热，特别遇到大风、暴雨引起棉铃受伤，可使铃病严重发生。棉花密度大或氮肥过多，造成枝叶徒长，整枝打老叶等措施没有及时跟上，造成棉田通风透光不良，田间湿度大，铃病发生就重。二是害虫的危害，特别是棉铃虫的危害，造成大量伤口，有利于病菌的侵入，进而引起铃病严重发生。
防治棉花烂铃，主要做好“六控制”：
一、控制
氮肥施用量在一般情况下，花铃肥和保桃肥均可施用10公斤/亩左右氮肥为宜。对于已经重施花铃肥或无早衰趋势的棉田，要少施或不施保桃肥，喷施缩节安、矮壮素等生长调节剂控制其徒长，避免落蕾、落花、落铃现象的发生。
二、控制田间湿度在多雨水的季节，排涝防渍是防治棉花烂铃的关键措施。因此，切实做到雨时水能排，雨后田间无渍水，以营造有利于棉花根系生长发育，而不利于各种病菌滋生的外界条件。
三、控制棉株旺长针对棉枝长势偏旺的棉田，应结合整枝分批剪去中下部老叶，对于秋发疯长的棉田，要采取“开天窗”和推株晾行等补救措施，以改善通风透光条件，预防棉花烂铃。
四、控制病害发生由于棉花烂铃大多是红腐病、炭疽病和疫病等病害所致，所以，做好病害的防治工作是预防棉花烂铃的重要措施之一。喷药部位多以花蕾、嫩铃、青铃、病铃为对象，喷药种类有70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或80%代森锌可湿性粉剂600倍液，隔 5～7天喷第二次，对铃病有较好的防治作用。
五、控制虫害发生对于棉花棉铃虫、红铃虫为主的钻蛀性害虫，应在前期防治的基础上，采取人工捕捉高龄幼虫和药剂防治低龄幼虫的办法控制害虫的发生。
六、控制烂铃长期挂秆对纤维尚未成熟的烂铃，应及时抢摘，并将带有病菌的棉铃带出田外集中处理，以减少病源，降低发病率。对棉铃内的纤维已完全成熟的烂铃要及时抢摘、及时剥铃、及时晾晒，以降低经济损失。