种子本身是活的有机体，每时每刻都在进行着生命活动，即使种子已处于休眠状态，也不会停止生命活动，这与无生命的物质保管有着本质的区别。种子保管的好坏，将直接影响翌年种子发芽率及发芽势的强弱，也直接关系到播后植株生长势及玉米产量与质量。
1.严格控制种内水分。
玉米收获初期，含水量很高，经过一段时间的自然风干或机械烘干，使种子的含水量逐渐落降。在10月中下旬寒冷天气到来之前，含水量必须降到种子所需水分14％以下，这是保证种子越冬的主要技术环节。如含水量过高，种子内部各种酶类就要进行新陈代谢，呼吸能力加强，遇到低温时，种子易受冻害，部分或全部丧失发芽能力。
2.控制贮藏场所的空气湿度。玉米种子内部具有各种亲水胶体，对空气中的水分子有很强的吸附力。当空气潮湿时，种子就会吸收一部分水分子进入种子内与胶体微粒紧密结合，成为种子的结合水或束缚水。后经一系列转化而呈游离状态的水，即为游离水。当种子含游离水较多时，细胞体积膨大，子粒外形饱满，内部进行生理生化活动，往往引起种子发热变质，所以要求贮藏场所必须保持通风干燥的环境条件。种子严禁直接放在地面堆放，因为地面潮湿度大，不易通风。应垫高50厘米以上，使种子下面能顺利通风。
3.贮藏场所处理。种子贮藏时间长，贮藏场所内的有害杂菌和害虫与种子接触后，往往从种子胚部侵入到种子内部，破坏种子的发芽力。种子进入前应将场所内的杂质、垃圾等全部，同时要进行修补墙面，嵌缝粉刷，剔刮虫窝等工作。对场所内应采用灭虫药剂进行喷洒、熏蒸等方法处理。种子进入前应严把质量关，玉米种子含杂质多，就可能带入大量病菌和虫卵，所以不成熟、破损、感病、虫蚀的种子不能入内，这是防止病菌及害虫进入的有效技术措施。
4.不能用塑料袋装种子。种子是具有生命的有机体，每时每刻都在进行呼吸作用，呼吸过程需吸收氧气。用塑料袋装种子，因塑料袋不透气，会使种子与空气隔绝，种子不能进行呼吸作用。同时，种子呼出的二氧化碳也无法排出，时间长了，袋中的二氧化碳积累过多，造成二氧化碳中毒。另外，种子本身的水分和呼吸作用所产生的热量散发不出去，易造成种子发热霉变。有的农户用化肥袋装种子，这样会造成袋内残存的铵离子对种子产生毒害。
5.不能与农药、化肥混放。农药化肥在贮存期间能散发出一定量的有毒有害气体，玉米种子吸收后可能产生毒害作用。更不能把种子直接放在农药化肥上，尤其是尿素等氮素化肥挥发性特强，挥发出来的氨气有很强的腐蚀作用。氨浓度较高时，会杀死种胚，使种子丧失生命力。
6.定期检查。种子贮藏期较长，要根据不同时期对贮藏场所的温湿度进行调控。对种子要重点检查三个方面：一是检查种子是否受潮；二是检查种子是否被虫蛀鼠咬；三是定期检查种子的发芽率和发芽势。在整个种子贮藏过程中，种子自身含水量受空气的温度和湿度的影响都可能发生较大的变化，定期进行检查是完全必要的。