有机肥料能明显的改良土壤、改善产品质量，减少作物病虫害等优势，不像化肥那样容易伤根死苗，但也不能偏面的认为有机肥施用越多越好。
实际上过量施用有机肥也会同过量施用化肥一样产生危害，其表现为作物根部吸水困难，易发生烧根黄叶、僵苗不长、叶片畸形等病状，严重后果是作物逐渐萎缩而枯死。主要因素是过量施用有机肥造成土壤中缺水、供养不平衡，使土壤中硝酸离子成份聚积，硝酸盐含量超标，从而使作物发生肥害。怎样避免有机肥施用过量呢，建议按作物“四类一体”配方百分比施肥法来控制有机肥的施用量，同时还要注意以下事项：
一、严格遵守配方比例施用。宣传有机肥对农作物生长有利的科技知识，合理的将生物
菌肥与农家有机肥、矿物肥、化肥相配合，坚持按“四类一体”配方平衡施肥技术，并按作物生长期营养需求指导施肥，实践证明：以生物菌肥1-2%、有机质肥50-60%、中微量元素肥10-20%、氮磷钾大量元素肥30-40%的配合比例，增产效果能显著提高20- 30%。由此可见，合理应用生物有机菌肥是现代有机农业发展的必然趋势。
二、腐熟发酵后再施用。有机
生物肥料，能活化土壤、改良土壤，增强农作物的抗病、抗虫、抗灾能力，能提高作物品质和增产量。但自然界中的禽畜栏、人畜粪肥及饼粕类等有机肥必须要腐熟发酵后再施用。经过发酵后，一是均衡了有机肥中的酸性，减少了硝酸盐含量，补充了水分，有利与自然界土壤中微生物菌的组合应用;二是发酵后能杀灭原粪肥中寄生虫卵、有害生物病菌等直接给作物和土壤带来的病菌与危害。
三、尽量作底肥深耕后施用。改进施肥方法，一是尽量将有机肥深施或盖入土里，避免地表撒施肥料现象，减少肥料的流失浪费和环境污染;二是作物苗期基肥要深施或早施，尤其是要严格控制作物苗期氮肥的施用量;三是要按作物生长营养需求规律来施肥，一般生长期短的作物可作底肥一次性施入，像生长期长的棉花栽培施肥，应该分前后期来施用，即“前轻、后重”来合理施入，才能达到预期的目标产量效果。
四、配合生物有机菌肥施用。在现实生产中，土壤中有机质的贫乏就易使作物发生病菌害、产量低。多施有机质肥，不仅能提高作物产量和品质，而且还能使作物有抗旱、抗早衰和抗病虫害能力。尤其是有机肥与生物菌肥的结合应用，能使土壤具有较好的固氮、解磷、解钾的功能，起到改良土壤，提高肥料利用率和节本、增产、增收的效果。