微生物农药不污染环境，副作用，无残留，不毒害人畜，不伤害天敌，更不会诱发病虫抗药性产生，是真正意义上的绿色农药。近年来随着绿色农产品生产的发展，微生物农药越来越受到重视，生产上应用越来越广。如利用武大洲l号或武大洲3号A防治菜青虫、烟青虫，利用诱田蛾克防治斜纹夜蛾，利用块状耳霉菌防治小麦蚜虫，利用阿维菌素或浏阳霉素防治螨害，利用多杀霉素防治蓟马，利用白僵菌或杀螟杆菌防治玉米螟，利用绿僵菌防治蛴螬等，利用春雷霉素防治稻瘟病，利用武夷霉素防治性病害和性病害，利用水合霉素(土霉素)防治性病害，利用公主岭霉素防治各类黑穗病等。但微生物农药使用效果受天气影响较大，使用时要注意防不利天气影响。
1．防低温天气影响 微生物农药活性成分主要由蛋白质晶体和有生命的芽孢组成，对温度要求较高。在低温条件下，芽孢在害虫体内繁殖速度十分缓
慢，而且蛋白质晶体也很难发挥作用，因而难以达到防治效果。所以在使用微生物农药时，务必将温度调控在20℃以上。据试验调查，在20℃～30℃条件下，微生物农药防治效果比在IO~C～1 5℃条件下高出1～2倍，当然温度过高，也不利于提高防效。因此要选择适宜的温度条件使用微生物农药，以确保效果。
2．防低湿天气影响微生物农药对湿度大小非常敏感，高湿有利，而低湿不利于发挥药效。湿度过低，不利于微生物农药活体(如、、放线菌、病毒等)繁殖和侵入虫体及病菌体内发挥药效，也不利于微生物代谢抗物素抑杀病虫。特别是一些微生物农药粉剂，在低湿条件下难以粘附植株和病虫体上。因此使用微生物农药一定要选择相对湿度较高的天气条件下使用，如使用乳油(EC)、水剂(AS)、可湿性粉剂(wP)时，可选择晴天下午使用，此时相对湿度较高，温度也比较适宜；使用粉剂(D)时尤其要选择早晚露水未干时进行喷粉，使药剂较好地粘附在茎叶上，芽孢能快速繁殖，从而达到防治效果。
3．防强光影响 太阳光中紫外线对、芽孢等活体有致命的杀伤力。实验表明，强太阳光直接照射，30分钟和60分钟，芽孢死亡率达到50％和80％以上，而且紫外线照射对伴孢晶体还会产生变形降效作用。链霉素等在强光下易出现光解降效现象。有鉴于此，微生物农药施用时要避开夏秋高温季节的晴天中午，选择阴天和晴天下午甚至傍晚及早晨有露水时施用。
4．防暴雨天气影响 含有芽孢等活体微生物农药和微生物农药粉剂怕暴雨冲刷，暴雨会将蔬菜、瓜果等作物上喷施的菌液冲刷掉，影响对害虫的杀伤力。如果喷药后遇到小雨，则有利芽孢的发芽，有利于提高防效，喷施后3天内遇暴雨，在暴雨过后及时选有利的天气补施。