大豆和花生的基本特点是能自行固定空气中的氮素，施氮量可以大大减少。在幼苗期，其根瘤还没有固氮能力，需要施用氮素。另外，在土壤比较瘦，或者有其它不良因素存在时，根瘤也可能发育不良，这些情况，都可使本身的固氮量不能满足生长发育的需要，仍需施用部分
氮肥。
由于花生、大豆在某种程度上可以固定氮素，所以磷、钾肥的供应，至少在数量上，就超过了氮肥，这是豆科作物施肥的共同特点。
大豆种植面积以北方居多，特别是东北地区是我国主要的大豆产区，而南方花生面积较大，在这些地区都有大面积缺磷的土壤，所以，不论是花生还是大豆，
磷肥都是主要的肥料。一般说，北方施用磷肥应以水溶性的为好，如普通过磷酸钙等，南方可以施用柠檬酸溶性磷肥，如钙镁磷肥等。在酸性土壤上，钙镁磷肥肥效可以超过普通过磷酸钙，因为它不仅含有磷，而且还有钙、镁。这是酸性土壤上常缺的养分。
不论南方或者北方，如果把磷肥与腐熟的
有机肥混合后施用，可以显著地提高磷肥效果。一般的混合比例是1︰5-10，即1份磷肥加5-10份有机肥，有机肥一定要腐熟的质量好的，而不是一般的土粪。
花生和大豆在北方种植时，农民常施用一些草木灰。施用草木灰可以改善钾素平衡，防止土壤钾素消耗太多，但施草木灰时，应注意与其它肥料（除钾肥外的化学肥料或有机肥料如厩肥、人粪尿混合堆沤）的混合，否则可能引起氮素损失和磷素的退化。
大豆或花生，在一般肥力的土壤上，作基肥用的肥料氮、磷比例大体上可以保持在1︰2的范围，即一份氮素（不是氮肥）两份磷素。如每公顷施（P2O5）60千克（即每亩4千克）时，每公顷可施氮素30千克（即每亩2千克）。如果施用的有机肥量大，可以适当减少化肥用量。
当基肥较少，或土壤肥力较低时，一般可在初花期追施一部分氮肥，但数量不能过大，否则易引起陡长，反而对结籽不利。
某些土壤钼供应不足，可对花生和大豆喷施钼肥，或者用钼肥拌种。如拌种，可用钼酸铵10-20克，加少量温水溶解，再加水1千克左右，制成浓度为1-2%的钼酸铵溶液，均匀喷在种子上。
如喷施，可在大豆开花期进行，一般每100千克水加钼酸铵40-50克，每公顷可喷施375-450千克（即每亩25-30千克）溶液。
在酸性土壤上种植大豆和花生，应注意施用石灰。