如果土壤中缺少腐生，植株秸秆不能很快腐烂，病菌也就有了更多的存活机会。也正因为以上原因，近来枯萎病、纹枯病、根腐病、立枯病等日益猖獗。为了获得更高的产量，人们在农田里连续大量使用了化肥和农药。农田土壤中的有机质匮乏，微生物种类和数量大大减少了，其中也包括一些能够抑制土传病害的有益微生物，如放线菌、木霉菌、芽胞杆菌等。另一方面，许多危害植物的病菌在病残体中更容易越冬。
针对土传病害日益严重的问题，可以采取两种策略。一是继续加强化学或物理的杀灭措施，尽可能给作物创造一种无菌的条件。这是比较难的，因为土壤的结构和理化特性比较复杂，有许多因素影响效果；即便暂时能够做到，但一旦有新的病菌进入，由于缺乏自然抑制能力，就会迅速成灾。另一种策略是增加农田土壤微生物种类和数量，创造一个合理、平衡、稳定的微生物区系并依靠他们之间的竞争、占位、重寄生等关系，抑制病菌的滋长。实践证明这是持续防治病害的合理策略。
实现生态平衡，抑制土传病害，一方面需要不断增加土壤有机质，包括农家肥（厩肥、堆肥）、工厂化生产的有机肥、秸秆还田和种植草苜蓿等绿肥作物。有机质不仅蕴涵丰富的营养物质，使土壤形成团粒结构，还是培养各种微生物的基质。另一方面要增加有益微生物的种类和数量，也就是施用一定数量的菌肥。菌肥也称生物肥料、肥料。确切地说，它们是菌而不是肥，主要成分不是营养元素，而是大量的微生物。它的功效在于通过微生物的活动，改善作物的营养条件并分解土壤中的有机质，使他们变成能够被植物吸收的营养，这就如同人吃的饭菜必须经过消化才能被吸收一样。秸秆还田后如果没有微生物的帮助，不仅不能被植物利用，还可能助长病菌的滋生；另一方面，再好、再多的菌肥撒在贫瘠的土壤中也不可能凭空转换出营养元素，有益微生物也会饿死。只有当有机物与有益微生物同时存在时，才能起到增肥防病的效果。
一种按适当比例在大量有机物质中植入有益微生物的新型多效有机肥，其微生物包括能够增加或转化营养的固氮菌、硝酸菌、溶磷菌、光合菌；能够分解有机质的酵母菌；能够分泌植物生长刺和抑制病菌的哈刺木霉、绿粘帚霉、放线菌以及一些芽胞杆菌和假单胞菌。该肥种具有长效、、增产防病的优点，值得推广。它的优劣主要看植入的有益微生物种类和数量。
在这里也提醒大家注意，菌肥和多效有机肥不宜长时间存放，要避免高温、水浸，一般也不能和剂混用。