棉花是常异花授粉作物，生物混杂和机械混杂是造成品种纯度降低的主要原因，为保证种子纯度和提高产量、改善品质，要求在一个生态区内，实现原种二代更新，因此，应将良繁区生产的种子棉单收单轧，一般将毛子轻脱二道绒后，
种子含水在12%以下时单独存放。
长期贮藏的种子，不宜先用硫酸脱绒，也不宜用种衣剂包衣后贮存，以防贮藏期间大幅度降低发芽率。贮藏期间影响种子含水高低的因素是空气湿度。当种子量不大，空气相对湿度低于50%时，棉籽含水量明显减少；相对湿度50～70%时，含水稳定；当湿度高于70%时，种子含水明显增加。
西北内陆棉区和黄河流域棉区，在冬春季贮藏期间，降水不多，相对湿度大多在65%以下，小量棉种可装在布袋或麻袋内囤存或堆存，要防止地面返潮，大量集中贮存时，亦可在露天苫盖防潮。
长江流域棉区春季雨水多，相对湿度在70～80%，故应进行库藏。种子库应有通风防湿条件，注意通风降湿和翻堆降湿。