硫基复合肥和氯基复合肥的差异之处表现如下：
1、成分不同
硫基复合肥生产过程中有一个脱氯的过程，一般氯含量控制在3%以内，而氯基复合肥中含有大量的氯元素。
2、适用范围不同
氯基复合肥对忌氯作物如果树（如柑桔）、薯类、甜菜、烟草的产量和品质均有不良影响，不能用于忌氯作物上，但氯离子有促进光合作用和纤维形成等作用，对麻类等纤维作物施用尤为适宜。而硫基复合肥中的硫是作物必需的中量元素，因此硫基复合肥适用于各种作物。
3、施用方法不同
硫基复合肥可作基肥、追肥、种肥和根外追肥。氯基复合肥因氯含量较高，不能作种肥和根外追肥，只可作基肥和追肥用。
4、肥效不同
氯基复合肥在土壤中形成大量的氯根离子的残留，施入土壤后可增加土壤盐离子浓度，不适用于盐碱土壤中。硫基复合肥其硫元素是作物必需的中量营养元素，可有效的改善土壤缺硫状况，为作物直接提供硫养分。