辣椒有病虫害发生的时候，首先的防治手段就是使用
农药制剂，不过防治的时候也要根据不同病害采取不同的防治手段。
猝倒病、立枯病：发病初期可选用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或绿亨一号可湿性粉剂1000倍液喷雾防治，连续用药2—3次，7天—10天一次。
疫病：发病初期可选用45%百菌清烟雾剂密闭棚室熏蒸，每亩用药量250g—300g，7天一次，视病情可连续熏蒸3—4次。或用5%百菌清粉尘剂喷粉，每亩用药量1kg，7天一次，连续2—3次。或用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或50%雷多米尔锰锌可湿性粉剂500倍液，或70%乙磷锰锌可湿性粉剂500倍液喷雾防治，连续用药2—3次，7天—10天一次。
炭疽病：发病初期选用10%世高水分散粒剂800—1500倍液，或50%混杀硫悬浮剂500倍液，或80%炭疽福美可湿性粉剂600—800倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液交替喷雾，7天—10天一次，连续2—3次。
病毒病：发病期初期选用20%病毒A可湿性粉剂400倍液或1.5%植病灵乳剂1000倍液，隔7天—10天喷一次，连喷3—4次。
疮痂病：发病初期选用50%琥珀酸铜（DT）500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液，或77%可杀得可湿性微粒粉剂500倍液喷雾，间隔7天—10天一次，连喷2—3次。
白粉病：发病初期可选用20%粉锈宁乳油2000倍液，或5%速保利可湿性粉剂1000—2000倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500—600倍液喷雾防治，隔7天—10天喷一次，连喷2—3次。
灰霉病：发病初期可选用50%海因可湿性粉剂1500倍液，或50%速克灵可湿性粉剂2000倍液，或60%多菌灵超微粉600倍液，或50%多菌录可湿性粉剂1000倍液，或50%扑海因可湿性粉剂2000倍液，视病情间隔7天—l0天喷一次，连续喷2—3次。也可选用10%速克灵烟剂，每亩每次用药250g—300g熏治，或5％百菌清粉尘剂每亩每次1kg，以上药剂可以交替使用。
白星病：发病初期可选用1∶1∶200—1∶1∶250的波尔多液，或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或50%琥珀酸铜（DT）可湿性粉剂 500倍液，或77%可杀得可湿性微粒剂500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液喷雾防治，隔7天—10天喷1次，连喷2—3次。
蚜虫：用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液，或25 %阿克泰水分散粒剂5000—10000倍液喷雾防治。
烟青虫：当百株卵量达到20—30粒时开始用药，选用Bt乳剂200倍液，或5 %抑太保乳油2500倍液喷雾防治。