香菜菌核病的发生对其产量有严重的影响，那么采取防治措施是关键。
1.农业防治
(1)实行轮作或高温防治病地实行与粮食作物进行2-3年的轮作，或与水稻或与水生蔬菜轮作1年。保护地病地不能轮作的，可采取高温防治，方法是：在三夏高温期间，先清洁田园，残枝病叶、杂草，带出田外深埋或烧毁；每666.7平方米施石灰50-100千克，加碎稻草或麦芋子500千克，均匀施在地表，马上翻入土中，起高垄30厘米左右，垄沟里灌水，直至饱和，为了使垄沟里始终有水，要天天灌水；铺盖地膜，四周用土封严，密闭棚、室15-20天。此法不仅可杀死下部分菌核，而且还可杀死镰刀菌、根结线虫等病菌。
(2)无病土育苗应选大田土或草炭土进行育苗，并加强管理，培育出无病壮苗。有条件的，种植过蔬菜的苗床，可用地热线育苗，在播种前将苗床的温度调到55-56℃，处理2小时，即可杀死苗床土壤中的菌核。然后降温，播种，正常育苗。
(3)选用无病种子从无病株上留种。对混有菌核的种子，可用10％盐水漂洗种子，淘核。然后用清水反复冲洗
种子，晾干后播种。也可以用温水50℃浸种10分钟(保持温度)，可杀死混在种子中的菌核。
(4)加强放风保护地种植的要加强放风，降低湿度，创造一个不利于菌核病菌发展的环境条件。
(5)铺盖地膜地膜可阻挡子囊盘出土，如果用紫外线阻断膜覆盖地面，效果更佳，因为此膜可抑制菌核萌发。
(6)清洁田园田间发现病株，应及时拔除，可减少病菌在田间传播。
2.无公害农药防治保护地种植的，发病前用3.3％特克多烟剂，每666.7平方米每次250克，分放4-5个点，傍晚进行，密闭烟熏，隔7天熏1次，连续熏5-6次。发病初期，也可喷42％特克多悬浮剂1000倍液，隔7天喷1次，连喷3-4次。