银耳在培育的时候很易受绿霉菌危害，也有部分根霉、毛霉和少数链孢霉污染。绿霉、毛霉、根霉常发生在菌袋接种穴旁，或接种后9～10天两穴菌圈接头时，在菌丝前端出现，也有在袋壁出现。绿霉也发生在子实体上，使耳片霉烂。链孢霉多发生在袋口扎缝处。造成杂菌污染的主要原因是料袋不彻底，无菌操作不严格，袋膜破孔，菌种不纯或环境污染等。
防治方法：（1）净化菇房环境。经常清理环境卫生，并撒石灰粉。培育前菇房严格，杜绝污染源。（2）精选原辅料。棉籽壳、麦麸要求无结块、无霉烂变质，并置于烈日曝晒。栽培袋事前检测质量。（3）规范菌袋生产。培养料含水量不能超过 60%，装袋上灶时限不能超过6小时，防止料变酸。要求保持100℃24小时，中途不降温。（4）坚持无菌操作。接种室彻底。选用合格剂，喷洒空间、架床和场地。（5）精选菌种。春季培育银耳菌种要求香灰菌丝强些，避免接种后遇低温退灰，影响长耳。（6）污染袋处理。受杂菌危害的污染袋应区别处理。轻度污染的采取套袋扎口的方法，控制蔓延，再接种。污染严重的破袋取料，加1%～2%石灰水拌匀，堆闷24小时摊晒，下次再利用。子实体被绿霉污染，应提前采收，并用pH值为8的石灰水澄清液涂擦耳基，控制蔓延。