复合微生物肥料在运用的时候需牢记下面几点：
1.适用于追肥，以淋根的方式来施用，与化肥交替使用。使用时根据不同的作物和作物的不同时期定使用量，如：香蕉，根椐苗的大小，每株的施用量为0.5~2.5毫升，配水量可根据土壤的干湿程度来定，一般配水量为400~600倍；蚕桑，一次用量为每亩 150~250毫升，配水90~120 斤水，喷淋桑头。
2.本品不能与剂、除草剂混用，并且前后必须要间隔7天以上施用；
3.在雨后或灌溉后施用，肥料用前要摇匀，现配现用；
4.保存时切忌进水，保存于阴凉干燥处，并不宜直接在地面存放。