由于小麦孢囊线虫的孢囊可以在土壤中存活多年，化学防治费用高，药剂毒性大，所以主要采用非化学防治方法。当前要抓住该病分布未广的有利时机，做好普查工作，勘定疫区并实行严格的检疫措施，特别是对跨区作业的农机具。
农药防治，可以考虑在小麦播种期，随播种沟施用15%涕灭威颗粒剂0.5～1.5kg/亩、噻唑磷（10%福气多）颗粒剂30kg/亩或
2%阿维菌素颗粒剂1～3kg/亩。重病田可考虑播前用氯化苦，棉隆及威百亩进行土壤熏蒸。
受害小麦出苗后1个月即可出现症状，但在越冬返青后才表现明显。下部叶片从叶尖开始变黄，随后整叶颜色变淡变褐，干枯；病苗长势弱，分蘖明显减少，部分植株矮化，穗小，籽粒不饱满，类似缺肥状，但追肥不果。病情严重时会成片枯死，根部可以看到许多瘤状的根结，根结上再长须根，须根上再形成根结，使得根系纷乱、扭曲，成团。根表面可见针头大小的白色孢囊，后期变为褐色。根结和孢囊是鉴别该病的主要依据。小麦孢囊线虫病的传播体是孢囊，主要是依靠土壤传播，农机具特别是跨区作业的小麦联合收割机，人、畜活动，流水以及大风都可能起到传播作用。另外，线虫所造成的伤口很容易引起根腐病。