每年春季施肥以春播或春季移栽作物为主，这时科学合理地施用有机肥就更加重要。那么，如何合理施用有机肥，施用时要注意什么呢？有机肥在施用时要注意以下几点：
一、有机肥施肥前一定要堆沤腐熟
自然状态下有机肥中的养分难以被作物直接吸收利用，必须在腐熟过程中通过微生物分解转化变成有效态。同时有机肥中含有各种有害的病菌、虫卵和草籽，必需借助腐熟发酵进行杀灭。
近年来，不少种植户将有机肥事先腐熟后封堆保存，隔年再用，这是一个成功的经验，应予以推广。
二、因作物而异掌握好施肥量
有机肥与化肥各有所长和不足，两者要配合施用。
对大田作物提倡施用有机肥，一般亩施有机肥1000～3000千克。对果树和蔬菜则必须施用有机肥，其中果树和露地蔬菜一般为3000～4000千克，大棚等保护地蔬菜一般为4000～7000千克。
这里的施肥量主要指普通堆沤肥和厩肥，如为畜禽粪其用量应该适当减少，甚至减半。
三、正确处理商品有机肥和农家肥的关系
商品有机肥多为富含有机质的动植物废弃物经发酵后制得，其品质优于一般农家肥。在施用方法上主要作基肥，每亩施用量为200～500千克，一般不提倡作追肥，如果作追肥施用量应该适当减少，并配施适量化肥。
由于其施用量较少，归还给土壤的有机质相当有限，不可长期连续施用商品有机肥来代替农家肥，至少要每隔3～5年施用一次农家肥。
四、正确看待有机肥与化学肥的关系
有机肥与化肥的主要区别在于：有机肥养分全面，养分配比天然合理，释放缓慢，一般不会导致养分供应失衡。
而化肥养分比较单一，养分释放快，一般生产者难以完全做到科学控制养分的用量、配比和释放速率，很容易因过量施肥或养分供应失衡而造成产品质量下降和环境污染。
但有机肥如果选用不当也会带来环境污染问题，特别是当有机肥含有污染元素或有害物质及过量施用时。因此只施用有机肥的不一定就好，合理使用才是基本原则。