地衣芽孢杆菌使用后可产生内生芽孢，耐热抗逆性强，在土壤和植物的表面普遍存在。是植物体内常见的一种内生菌，对人畜无害，不污染环境。生长速度快、营养需求简单，在植物的表面易于存活、定殖与繁殖，生产工艺简单，制剂稳定，施用方便，储存期长。因此是一种理想的生防微生物。
生防机制对植物病菌的作用机制和方式是多样的，主要包括竞争作用、抗生作用、溶菌作用和促进植物生长等几个方面。
竞争作用竞争方式，主要包括营养竞争和位点竞争。营养和空间位点的竞争是指存在于同一微小生物环境中的两个或两个以上微生物之间争夺这一环境内的空间、营养、氧气等的现象。地衣芽抱杆菌具有较强的竞争和定殖能力，从而抢占病原菌的侵染位点，消耗其周围养分，阻止和干扰病原菌对植物叶面和其他器官的侵染，起到防病抑菌的作用。
抗生作用是指拈抗微生物通过产生代谢产物在低浓度下就能够对病原微生物的生长和代谢产生抑制作用，从而来影响病原微生物的生存和活动。近半个世纪以来，人们从地衣芽孢杆菌不同菌株的代谢产物中分离纯化了多种有效的抑菌物质。
地衣芽孢杆菌的溶菌作用主要表现在通过吸附在病原菌的菌丝上，并随着菌丝生长而生长，而后产生溶菌物质造成原生质泄露，使得菌丝体断裂，或者是产生抑菌物质通过溶解病原菌孢子的细胞壁或细胞膜，致使细胞壁穿孔、畸形等现象从而抑制孢子萌发。
保护环境。以及提高农作物产品品质和食品安全等方面表现出了不可替代的作用。
地衣芽孢杆菌对土壤中的菲与苯的吸附及生物降解功能，土壤与其相连的水环境称为土壤-水环境系统，其中存在着大量的土壤固有微生物，并在表面存在生物膜，因为生物膜形成了隔离层，有机污染物在接触到支撑生物膜的固体基底之前，必须首先到达并且穿过这个隔离层，这样就强烈地改变矿物颗粒或基底的吸附行为，对吸附作用有重要的影响。
地衣芽孢杆菌对土壤微生物的呼吸强度的影响，土壤呼吸强度作为土壤生物活性指标之一，能够在一定程度上反应土壤营养物的转化和供应能力，其呼吸速率变化及变化方向也反应了生态系统对胁迫的敏感程度和响应模式，是环境安全评价的一项重要指标，当土壤受到外来污染物污染时，微生物为了维持生存可能需要更多的能量，而使土壤微生物的代谢活性发生不同程度的响应。研究表明各质量分数处理的地衣芽孢杆菌均表现为对土壤呼吸作用的刺激效应，并且土壤中地衣芽孢杆菌质量分数越大，对土壤呼吸强度的刺激作用越大。
地衣芽孢杆菌对土壤脲酶活性的影响，应用土壤酶作为监测指标，评价农药的生态毒理效应已成为环境科学领域的研究热点之一。而脲酶属于土壤中研究得比较深入的一种水解酶类，是惟一对尿素在土壤中转化及尿素利用率有重大影响的酶。尿素施人土壤后。在脲酶的催化作用下，迅速分解成二氧化碳和氨，所以土壤脲酶活性的降低，不仅可使尿素水解减缓，令其水解产物更多地被土壤吸附而有效减少尿素水解产物氨的挥发损失，也可能相应减少水解产物NH硝化作用潜势。
地衣芽孢杆菌对盐碱地的改良有一定作用，土壤内盐分积累直接使土壤结构黏滞，通气性差，容重高，好气性微生物活动差，养分释放慢，渗透系数低，毛细作用强等，导致表层土壤盐渍化进一步加剧，造成土壤冷、硬、板现象。一般说来，当土壤表层或亚表层中的水溶性盐类累积累超过0.1%,或土壤碱化层的碱化度超过5%,就属于盐渍土。地衣芽孢杆菌可有助于解决这些问题。
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