番茄灰叶斑病和性髓枯病的发生将会严重的影响番茄的产量，那么首先要考虑的就是寻找农药来防治。
番茄灰叶斑病发病初期，叶面布满圆形或不规则形水渍状暗褐色小斑点，并沿叶脉向四周扩大，发展为不规则形病斑，病斑中部逐渐褪色呈灰白色至灰褐色，病斑稍凹陷，小而多，直径2～4毫米，极薄，后期易破裂、穿孔或脱落。发病后可以用33.5％喹啉铜悬浮剂（750倍液）加25％溴菌腈可湿性粉剂（560倍液）喷雾，每隔5～7天一次，连续防治2～3次。
番茄性髓枯病，又称性髓部坏死，冬季应重点防治，主要在番茄下部的茎秆内发病，发病后茎秆上生成大量不定根，剖开茎秆可见髓腔内有透明的胶状物，叶片失水萎蔫。防治性病害关键是前期预防，对近期定植的番茄，在缓苗后每隔10天用25％络氨铜水剂（500倍液）加25％甲霜·霜脲氰可湿性粉剂（500倍液）灌根，连续灌2～3次，预防病害发生。已经发病的植株，可以用上述药液向茎秆中注射，以控制病害的发展。
冬季防治番茄病害，还应注意棚室管理，白天温度控制在25～30℃，夜间温度保持在14℃左右。大棚相对湿度在80％以上时及时通风，合理浇水，降低棚内湿度。同时，注意整枝打杈，不偏施氮肥，以提高植株抗病能力。