水稻穗颈瘟的发生后极易使水稻发生减产，所以我们对此一定要防治：
1、整地选种。①深翻土地，施足底肥，灌好底墒。②选用优良抗病品种，并用新高脂膜（可与种衣剂混用）对种子进行拌种处理（能有效隔离病菌感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率和出苗率）。③按要求播种后，用新高脂膜喷洒苗面，能提高幼苗抗病能力，保护其茁壮成长。
2、合理施肥。增施有机肥和P、K，同时喷施新高脂膜，保墒、保肥促吸收，有效预防水稻穗颈部病毒感染。
3、科学用水。防止深水漫灌，保持田间干燥，连阴雨天及时清沟排水。
4、药剂防治。在破口前2-3天，用40%富士1号乳油+新高脂膜喷雾。根据天气情况7-10天后再喷药一次。