生物肥料的施用，不是一成不变的，要根据菌肥类型不同而进行改变的。
生物肥料的质量要求
生物肥料作为农资产品，必需在活菌数、杂菌率、有效期等方面达到一定的质量要求（NY227—94）。除了农用微生物菌剂外，还有以此为基础的复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指特定农用微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或质量的活体微生物制品。按NG/T 798—2004的技术标准，液体、粉剂、颗粒等不同剂型产品的总养分（N+P2O5+K2O）含量分别不得低于4%、6%和6%，但化肥含量也不是越高越好，过高将抑制微生物活性；生物有机肥是指特定农用微生物与动植物废弃物经无害化、腐殖化处理得到的有机物料复合而成的
肥料，他兼有微生物肥料和有机肥料的特点，按NY884—2004的技术标准，肥料的有机质含量不得低于25%。
微生物肥料的选用
可以作基肥、追肥，可沟施或穴施，也可用来拌种、浸种、蘸根或叶面喷施，具体因
菌肥类型而异。
（1）农用菌剂，亩用2kg固态菌剂与40-60kg腐熟有机肥混合均匀后作基肥、追肥或育苗；将固态菌剂与营养土掺匀制作营养钵，或与稀泥浆混拌，在苗木移栽前蘸根；播前将种子浸入10-20倍菌剂稀释液或用稀释液喷湿，使种子与液态生物菌剂接触后再播种；幼苗移栽前将根系浸入稀释 10-20倍的液态菌剂中，立即取出，或用上述稀释液喷湿幼苗根系；将菌剂稀释100倍后用于灌根或冲施；将菌剂稀释500倍作叶面肥。
（2）复合微生物肥 ，可作基肥和追肥，亩施用量10-20kg；稀释500倍作叶面肥，按产品说明书要求喷施。
（3）生物有机肥，可作基肥和追肥，作基肥时亩施用量约100kg，配施适量农家肥；作追肥用量适当减少，较化肥提前7-10天施入，且应配施适量化肥。
此外，当土壤氮磷钾养分含量较高或大量施用氮磷钾化肥时，根瘤菌、解磷、解钾菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用过量就会抑制根瘤菌的活动，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在贮存时不能与农药、化肥和过酸、过碱物质混放；不要与大量化肥或酸碱性化肥混施；土壤过酸、过碱或干旱都影响菌肥效应发挥。