大棚蔬菜冲施鸡粪是一种好事，因为鸡粪作为一种基肥，更是一种很好的
冲施肥，在增加蔬菜产量，提高蔬菜品质方面一点也不比商品冲施肥差。尤其是在夏季，因鸡粪冲施起来比较方便，因而被菜农广泛采用。但进入秋季后，天气开始转凉，大棚夜间开始逐渐转入以保温为主的管理阶段，关棚时间延长，而密棚状态过长，常引起有害气体积累。所以，此期内菜农若想继续冲施鸡粪，一定要注意小心谨慎，以免对蔬菜造成危害。
首先鸡粪在使用前要注意腐熟。秋季气温开始降低，买来鸡粪后腐熟发酵的时间应比夏季稍长一些，一般秋季需发酵30天以上方可彻底腐熟，冲施时切不可用量过大，也要避免未经过完全腐熟的鸡粪冲入棚内后造成蔬菜烧根。另外，鸡粪在腐熟的过程中产生的高温还能把土壤中的蛴螬、蝼蛄等害虫杀死，若鸡粪未经过腐熟则有可能把这些害虫带入棚内，为害蔬菜。一般经过腐熟的鸡粪外观为黑褐色，氨味较轻，未腐熟的鸡粪外观为黄褐色，有强烈的臭味、氨味。
其次是鸡粪冲施后应保持棚内通风良好。秋季夜间气温较低，为保证棚内温度不降低，菜农常在夜间关闭大棚放风口保温。而此期内若冲施鸡粪，其在土壤中腐熟时产生的氨气很容易在夜间积累熏坏蔬菜。因此，秋季冲施鸡粪后数天内，应保持棚内通风状况良好，夜间在无低温时注意大棚放风口不要关得太严，以免夜间棚内积聚的氨气散发不出去致使蔬菜受到伤害。
再是施用时应注意与生物菌肥的配合使用。即使是腐熟的鸡粪，也不可避免地含有一些有害物质，冲入土壤后，会对蔬菜造成危害。而配合适量的
生物肥后，其生物肥中的生物菌会把这些有害物质分解。生物肥还有改良土壤结构，增加土壤肥力，提高蔬菜品质，抑制土传病害的作用，如与鸡粪配合使用，会效果倍增。