番茄茎基腐病的发生对其生长非常不利也使农民朋友非常苦恼，所以选用合适的
农药防治是关键。幼苗定植过深或茎基部渍水、培土过高等易发生此病，该病主要为害大苗或定植后番茄的茎基部或地下主侧根，病斑呈暗褐色，绕茎基或根茎扩展，致使皮层腐烂，地上部叶片变黄，果实膨大后，因养分供应受阻逐渐萎蔫枯死。后期病部表面常形成黑褐色大小不一的菌核。
(一)农业防治1.选用抗病品种。
2.加强栽培管理。定植时要注意剔除病苗，幼苗定植时不宜过深，雨天及时排除地上积水，培土不宜过高，以减少定植田发病率。3.加强田间管理。定植地选择与非茄科作物实行3年以上轮作地进行定植。定植后发病，可在茎基部施用药土，每平方米表土施用40%拌种双可湿性粉剂9克，混匀后病株基部覆土，把病部埋上促其在病斑上方长出不定根，可延长寿命，争取产量。
(二)药剂防治
初发病时喷洒40%拌种双粉剂悬浮液800倍液，或用20%甲基立枯磷乳油1200倍液，主要喷洒植株茎基部。也可在病部涂五氯硝基苯粉剂200倍液加50%福美双可湿性粉剂200倍液，效果较好。