小麦有机肥施用后还应合理施用配方肥：
要加大有机肥用量，发挥有机肥改善土壤理化性状的作用，结合深耕，大力实施秸秆还田技术。要氮、磷、钾配方施肥，注意控制氮肥用量。土壤肥力水平高的地块，要适当降低氮肥用量，土壤肥力水平低的地块，应适当增加氮肥用量。要合理配施磷
钾肥，一般亩用磷肥（P2O5）4~6公斤，钾肥（K2O）3~5公斤。小麦是需锰、硅量较多的作物，在小麦生长后期，需补施锰、硅等中微量元素肥料。施肥方式要科学，有灌溉条件的麦田氮肥60%底施，40%返青期至拔节期追施；无灌溉条件的麦田氮肥70%~80%底施，20%~30%返青期视土壤墒情追施。
耕地时一定要深耕，化肥一定要深施。秸秆还田的地块必须深耕，旋耕播种必须耙实。旋耕两年必须深耕一次，深耕要达到25厘米以上。