粪尿类有机肥的科学施用方法：
其一，不能施用生粪，必须腐熟和经过堆制转化。要将大量分散的原生粪尿堆制成合格的有机肥，不仅需要技术，更需要劳动力。在当前农村壮劳力很缺乏的条件下，人们可随处见到生粪起出后，数月甚至半年堆积在路边与村头，任其日晒雨淋，造成粪尿类肥料的氨气挥发和氮钾养分的流失和虫卵病菌传播的严重现象。等到了生产用肥的时候，就直接上到地里。这种现象应该改变。
其二，适量施用的原则。控制粪肥用量的做法，在欧盟国家已经提出了控量施用的规定。以英国为例，将施用量定在 170公斤（氮）/公顷之内。然而，近年来我国部分地区的蔬菜和果园生产中，每亩粪肥的施用量平均达到2吨以上，有的菜地还达10吨，这样盲目而普遍超高的粪肥施用量，造成了菜地养分富集和水体污染的形势。由于粪肥富含有机氮其分解的终产物也是硝酸盐，同样对水体和环境可能产生污染，粪肥还可能有重金属超标等问题。