有机肥应用有下面四大问题需要我们留心：
1、配施化学肥料使用
有机肥分解慢，肥效较迟。一些农民朋友把有机肥看作“”肥，往往只施用有机肥料，而不施化学肥料，造成作物对养分吸收不平衡，满足不了作物各个生长发育时期的养分需求。所以施肥时一定注意配施化肥，做到相互补充，缓急相济，合理搭配。
2、堆沤发酵要腐熟
大部分有机肥物理性质比较复杂，常带有病菌、虫卵和杂草种子，不经过腐熟，对作物生长不利，所以有机肥应经堆沤发酵加以处理后(可在有机肥中加入辛硫磷等杀虫、剂等)施用。
3、施肥量不宜过大
有机肥体积大，含养分低，需大量施用才能满足作物的生长需求，但并不是越多越好。如种植大白菜，每亩施腐熟圈肥4000-6000千克就足够了。
4、有机肥要保证质量
有机肥的质量如何，对作物产量和质量产生很大的影响，尤其是在提倡种植无公害蔬菜的今天，更为重要。如一些含重金属的有机肥不仅对蔬菜产量和质量有影响，还污染环境，所以对有机肥一定要选择使用。