种子烂芽发生的真实原因有下面几点：
①翻耕倒芽：播种后长期淹水，造成低温缺氧环境，致使发根不良，芽鞘徒长，形成翻耕倒芽。另外，鼓泥虫严重危害，也可引起翻耕倒芽。防止办法是坚持芽期湿润管理，防止前期灌水。鼓泥虫危害可于播前每亩用20斤茶枯捶碎煮沸，再兑水泼施于厢面。
②长期阴雨、病菌危害引起烂芽。长期低温阴雨，种芽生活力降低，根系生长停滞，使得腐霉菌等微生物病菌侵染造成烂芽。防止烂芽要注意提高秧田整地质量，抢注冷尾暖头播种，坚持前期湿润管理。
③有毒物质引起烂芽：秧田施用新鲜有机肥或用草子和青苔等覆盖物，如遇长期阴雨天气或厢面积水，有机物腐烂产生有毒物质，使种芽死亡，这种现象在阴雨过后转晴时表现更为严重。补救办法是及时灌跑马水洗毒去污，然后露田通气。