菌肥与其他肥料有以下几点不同之处：
农民在菌肥与肥料认识上也许还有很多误解，菌肥是指应用于农业生产中，能够获得特定肥料效应的含有特定微生物活体的制品。它不但可以为土壤、环境及植物提供营养元素，它的代谢产物对植物还会产生有益作用，如金宝贝微生物菌肥。
与其他肥料相比，金宝贝微生物菌肥存在着明显的优势，它含有多种的有益微生物群，能固定并转化空气中的氮素，活化和分解土壤中的磷钾矿物供花卉吸收利用，同时在微生物发酵分解过程中所产生的大量、植物生长调节剂及多种微量元素，能有效刺激花卉生长发育。另外，微生物肥料中“功能”（功能就好像狗类中的受过训练的“警犬”、“牧羊犬”，或比作成千上万的能产“蜜”的“蜜蜂”，有独特功能，因而得名）繁殖产生大量有益于植物生长发育的代谢产物，功能自身作为“优势种群”（其他有害菌、既无益也无害菌则可称为“劣势种群”或“少数种群”），能以“压倒优势”的规模与速度大量繁殖，营养被有益菌群消耗一空，使有害菌几乎无生存空间，因而可抵御病菌的入侵，起到防治病虫害的作用，同时它还具有很好的保水抗旱功能（这一点对懒汉养花特别有用），对于那些能结果的花卉，则能使其果实颜色更加好看，果实更加甜美。