金针菇在出菇管理中稍有疏忽，很容易发生异常，影响产量和质量。
1.肥胖菇。菌盖肥大，菌柄粗短。
原因：①菌种块上出菇；②搔菌过晚或现蕾后搔菌；③料面干燥，菇蕾稀少或只在沿袋壁四周出现少量菇蕾。
防治办法：①适时搔菌，刺激料面同步现蕾；②在菇蕾出现后再撑开袋筒，防止料面干燥；③在沿袋壁四周见有菇蕾时，将其压死，防止肥胖菇发生。
2.针头菇。无菌盖，菇体似针头状。
原因：二氧化碳浓度过高，只长菌柄，不长菌盖。
防治办法：加强通风，降低空气中二氧化碳浓度。
3.水菇。似水浸样，颜色发暗，呈半透明。
原因：喷水过多，温度过高，蒸腾作用减弱，水分滞留菇体。
防治办法：定期通风，减少喷水，保持空气相对湿度75%～80%为宜。
4.疲软菇。菇体软而不挺直。
原因：温度偏高，且缺氧。
防治办法：①预防高温；②做好驯养抑制，在低温、干燥、通风条件下，使幼菇生长整齐、坚实、无水迹。
5.扭曲菇。菇柄弯曲或扭曲，有时呈“麻花”状。
原因：菇棚内光照方向多变。
防治办法：设置顶光，遮盖四周光源，促使菇柄朝一个方向伸长。
6.侧生菇。在袋壁四周长出菇体。
原因：装料松，尤其是较为松软的培养料，培养后期，在袋壁与培养料之间出现间隙，一旦生理成熟，往往形成侧生菇。
防治办法：将料装紧压实，上下均匀，使料紧贴袋壁；对已形成的侧生菇压死，防止营养消耗。
7.早开伞。菌盖过早展开或脱落。
原因：①培养料含水量不足；②袋简短，菌柄很快长出袋口，供氧过量，且温度又偏高。
防治办法：注意补水；适当控制袋内二氧化碳浓度，加套薄膜袋；温度高时做好降温。
8.菌柄基部联结。
原因：在提升袋口薄膜抑制菌盖生长时，因薄膜透气性小，袋筒内氧气不足，导致菌柄基部绒毛增多，柄与柄之间发生联结。
防治办法：将袋口薄膜分次翻折，增加袋筒内含氧量；在幼菇长到1～2厘米时，把袋口翻折，使袋筒高出料面4～5厘米，待长到5～6厘米时，再全部拉直袋筒，增高二氧化碳浓度，让菌柄尽快伸长。