棉籽种皮坚硬，外有短绒，种皮与种仁之间有空气层，在低温干燥条件下可以长期贮藏，是农业作物中寿命较长的种子。但是，如果贮藏不当，从扎花到播种的5~6个月里也会发热霉变，丧失生活力。
贮藏棉籽应注意：
1.降低含水量，含水量11%以下的棉籽适宜长期贮藏，即使受热、受冻，都不致于影响种子发芽率。如果种子含水量在13%以上，往往因为呼吸作用旺盛而造成种子发热变质，所以对高水份的棉籽要做及时凉晒，使其干燥降低含水量。
2.堆垛贮藏，棉籽的散落性较差，宜于堆贮藏。库内散装一般不宜超过库容的1/2，以利于通风换气。冬春雨雪较少的地区，可采用露天堆垛。垛的大小可以根据种子的数量而定。一般做法是，垫好垛底，铺50厘米厚的棉籽，逐层堆高，逐层踩实，并用力钭四周拍紧，由下而上逐渐收缩，形成下宽上窄、高3~4米的棉籽垛。顶部堆成椭圆形。堆好垛后，将垛顶和四周苫好，或用草帘围严，防止雨雪侵入。