芹菜的主要病害有叶斑病（早疫）、斑枯病（晚疫）、病毒病、根结线虫病、菌核病等，害虫主要有蚜虫、美洲斑潜蝇等。预防技术如下。
1．选用抗病品种黄苗芹菜、玻璃脆芹菜、津南实芹等较抗病，可因地制宜选用。
2．种子处理种子在48—49℃恒温水中浸种30分钟后，投入凉水冷却，然后催芽播种，可预防斑枯病和叶斑病。
3．土壤用50％多菌灵可湿性粉剂30千克/公顷拌细土300—600千克，均匀撒在畦内或盖种处理，预防斑枯病等病害。发生线虫病的地块，可用10％丙线磷颗粒剂15—30千克／公顷拌细土撒施，深翻后播种。
4．农业措施播种前病残体，深翻整地减少菌源，重病地实行2—3年轮作；培育壮苗，合理密植，合理浇水，避免大水漫灌，露地栽培雨后及时排水，控制田间湿度，减轻病害发生；保护地注意控制温湿度，白天湿度控制在15—20℃，高于20℃要及时放风，夜间控制在10—15℃；发病初期摘除病叶及底部失去功能的老叶，带出田外深埋；施足底肥，勿偏施氮肥，增施磷、钾肥合理追施施叶面肥，增强芹菜抗病能力。