随着抗虫棉的种植，棉蚜、棉叶螨、枯黄萎病、棉盲蝽成为棉田主要病虫害，严重影响了
棉花产量和品质的提高。
一、棉苗病 棉花苗期病虫害主要以立枯、猝倒病为主，在苗期低温、多雨、重茬、播种过早等因素是棉苗病多发的重要原因。棉苗根病初发时，及时用40%多菌灵胶悬剂+新高脂膜800倍液、65%代森锌可湿性粉剂+新高脂膜800倍液或36%棉枯净可湿粉剂10~15克/亩，兑水15公斤顺棉苗茎杆喷雾，间隔5~7天，再喷一次。
二、棉蚜 苗蚜发生在出苗到现蕾以后，当卷叶率达30%以上时开始防治，6月中旬至7月下旬是棉蚜为害盛期，可选用10%吡虫啉可湿性粉剂+新高脂膜800倍液或15%金好年乳油+新高脂膜800倍液进行茎叶均匀喷雾。蕾铃期伏蚜发生时，由于温度高，可选用3%啶虫脒乳油2000倍加40%毒死蜱1200倍+新高脂膜800倍液防治蚜虫兼治其它害虫。棉株封行后，还可用80%敌敌畏乳油+新高脂膜800倍液，晴天无风的傍晚喷洒于棉垄间，对伏蚜效果较好，并可兼治棉花红蜘蛛。
三、棉叶螨 5月上旬开始在棉花田点片出现，此时气温较低，繁殖速度慢，单叶螨量较少，棉苗受害较轻。6月初~7月下旬，气温很快上升，棉叶螨开始大量繁殖，集中危害，干旱年份为害猖獗。可选用15%扫虫螨净乳油+新高脂膜800倍液、或1.8%阿菌素+新高脂膜800倍液进行喷雾防治。
四、棉盲蝽 近年，棉盲蝽对棉花的为害逐年加重，化学防治时期在6月中下旬，此期棉花植株比较幼嫩，如遇多雨，棉田相对湿度大的气候条件，有利于棉盲蝽的危害，该时期是防治关键期。在棉花蕾期、在铃期，可选用5%啶虫咪乳油+新高脂膜800倍液倍或4.5%氯氰菊酯乳油+新高脂膜800倍液喷雾防治，效果较好，同时兼治棉铃虫。
五、棉铃虫 是棉花蕾铃期的主要害虫，一年一般发生四代。主要以第二、三代为害棉花，以幼虫蛀食蕾、花、铃造成为害为主，被蛀棉铃易烂脱落或成为僵瓣。可采取综合防治的方法。1.物理防治：在棉花集中种植区安装佳多频振式杀虫灯，每60亩配备一套，连片使用效果更佳。2.化学防治：可选用90%万灵可湿性粉剂+新高脂膜800倍液，4.5%氯氰菊酯乳油+新高脂膜800倍液或1.8%阿维茵素+新高脂膜800倍液进行茎叶喷雾，间隔7天喷一次，连喷2~3次，后期扫残时可用20%辛灭乳油+新高脂膜800倍液或20%氰马乳油1500倍均匀喷雾。
六、棉花枯、黄萎病 都是为害棉花的维管束组织的病害，引起棉花叶片变色、干枯、脱落萎蔫等症状，严重时连片枯死，严重影响产量。可在棉花蕾期用枯黄萎灵每亩40克兑水喷雾（是连喷带灌）3~4次。
七、甜菜夜蛾 属杂食性害虫，一年发生4~5代，世代重叠严重，虫龄不整齐，高温干旱气候因素和多种作物混种的栽培条件有利于甜菜夜蛾的发生，一般管理粗放，杂草多的棉田发生较重。可选0.2%甲维盐+新高脂膜800倍液或25%灭幼脲悬浮剂+新高脂膜800倍液，均匀喷于棉株和田间杂草上，连喷2~3次，效果较好。