西瓜枯萎病俗称“死秧病”，是一种由土壤传播的病害。枯萎病的病原物在土壤里能够存活多年，连续种植瓜类，病菌就会不断积累，危害也就不断加重，一些地方管枯萎病叫“重茬病”就是这个道理。那么，轮作倒茬和种植抗耐病品种也就成为的防治措施，与小麦、玉米轮作6～7年。另外，用南瓜或葫芦作砧木嫁接西瓜苗可以有效地防治枯萎病。轻病田块病残体、拔除病株也有一定的防病效果。
化学防治强调早防早治，在正确诊断和预测的基础上使用恶霉灵（土菌消）、苯菌灵（苯来特）或多菌灵、甲基硫菌灵等药剂。可用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液浸种30～40分钟，或用10%漂白粉浸种10分钟，取出后用0.1%～0.15%的50%苯菌灵可湿性粉剂拌种。也可用70%恶霉灵可湿性粉剂1克每平方米掺细沙l公斤，播种后均匀撒入育苗床作盖土，或用70%恶霉灵可湿性粉剂1000倍液喷施育苗床。田间发病初期或发现零星病株时，用3.2%恶甲水剂600倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1000倍液灌根，每株灌0.4～0.5升药液。