尿素是酰胺态氮肥，施入土壤后除少部分直接被作物吸收利用外，大部分是在土壤中脲酶的作用下转化成碳酸铵再供作物吸收；碳酸铵的化学性质很不稳定，容易分解释放出氨。尿素施在地表，也会引起氨的挥发；如果施在石灰性土壤或碱性土壤的表面，氨的挥发更为严重。另外，尿素在转化为碳酸铵之前，不能被土壤吸附，若在施肥后立即大水漫灌，会将尿素淋溶至深层，降低肥效。
尿素在旱地施用，无论作基肥还是作追肥，都要注意深施盖土，使肥料处在湿润的土层中，以利于尿素的转化和防止转化后氨的挥发；若施肥后土壤墒情不足，可适量浇水，切忌大水漫灌。水田应在灌水前施用，深施，施后一般不要急于灌水，需隔3-5天再灌。