芝麻种子在贮藏的时候要注意防止虫害：
防虫磷拌粮法 防虫磷是一种、低毒、低残留的优质贮粮防护剂，首先按1:100的比例把药液拌入麦糠(或锯木屑)中，然后拌入芝麻中，能起到防虫和治虫的作用。
物理机械防治法 把已生虫的芝麻搬到烈日下暴晒，高温杀虫；在寒冷天气(0℃以下)把生虫芝麻搬至仓外摊开，冷冻杀虫；利用河沙(或草木灰)压盖，可防治蛾类害虫；将生虫芝麻过风车或过筛剔除害虫及虫卵。
植物杀虫剂防虫法 即在芝麻中拌入苦楝子、花椒、柑橘皮、菖蒲、辣蓼草、大蒜等杀灭害虫。
清洁卫生防治法 在芝麻入仓前，对仓库和其他用具进行彻底清扫，喷洒敌敌畏，将仓内所藏病虫全部杀死；已生虫的陈芝麻不要和新收获芝麻同仓存放，以免交叉感染。