杂交瓠瓜的科学制种技术如下：
1.选择排灌水良好的田块
瓠瓜种子的成熟期正逢江南梅雨季节，烂果现象比较严重，利用地势高爽，通风的田块，做成深沟高畦，可以减少烂果率，提高采种量。此时，果实膨大期，需水量大，如遇干旱，种子田要及时灌水。
2 播种和定植
杭州地区父本比母本提前7-10d，早熟品种的播种期比晚熟品种晚，母本一般于3月5日播种，4月上中旬定植，定植在大棚内，以避免“梅雨”时影响杂交制种和后期管理。母本定植的株距为40cm左右，栽培密度为2200株/667平方米，采用搭“人”字架栽培。父母本的植株比一般为1：5。其它管理同菜用栽培相同。
3 制种时间
当日平均气温上升到20-25℃时为制种适期，杭州地区在5月上中旬。在植株出现雌花起到开始杂交这段时间内，要根据品种特性进行父母本纯度检查，拔除异品种株及生长不良株，以提高杂交种种子的纯度。
4 杂交用具
目前瓠瓜杂交制种主要采用手工杂交，杂交的主要用具是24＃细铁丝，将该铁丝制成周长4cm左右的“U”环，用于卡花并做杂交标记。
5 杂交的步骤与方法
5.1 方法一
5.1.1 卡花与采集花粉
卡花的目的是为了防止自交和非目的性杂交。方法是将次日即将开放的母本雌花大花蕾（选择强壮的花蕾，并将雌花及将要开放的瘦小花蕾摘除），用细铁丝将花冠卡住，不让其任意放开，以免在次日未授粉前由昆虫进行非目的性杂交或自交。每卡一朵花，在花蕾旁边的叶子上再插一枚细铁丝，以供在次日授粉结束后作杂交标记用。花粉的采集可以在开花前一天傍晚将次日杂交的父本花蕾用细铁丝卡住，在杂交当天开花前取下，用于授粉，也可在开花前一天傍晚根据需要量将父本雄花的花蕾摘下，盛于容器中进行适当的干燥，次日授粉将花药集中于贮粉瓶中，用毛笔搅抖均匀成为混合花粉，供授粉用。
5.1.2 授粉
授粉时取下雌花花冠上的细铁丝，用当天（或上一天傍晚）采集的雄花（摘除花冠）在柱头上轻轻涂一下即可，一般一朵雄花授3-4朵雌花，也可用毛笔沾上混合花粉涂于柱头上。授粉结束后仍将原来的细铁丝卡住花冠，以防传粉昆虫进入花内授粉，降低杂交种种子纯度。同时，将花蕾旁边叶子上的备用细铁丝套于花柄上（不可套得太紧），以示杂交标记。授粉必须采用当天开花的花粉。授粉工作一般在上午5：00-7：00进行。
5.2 方法二
瓠瓜的花为夜间开放，并且在开放之前，花粉就有一定的生活力，根据这一特点，在傍晚，大花蕾时蕾期授粉。这一方法节省了授粉前卡花工作量。即在下午3：00-7：00，雌雄花处于大花蕾时，将雄花花蕾采下，剥去花冠，或者用毛笔沾上混合花粉（于上一天傍晚采集），然后将雌花花蕾轻轻剥开，露出柱头（切勿将花瓣剥下），进行授粉。授粉结束后用细铁丝卡住花冠，并作标记。
6 授粉后的植株调整
6.1 选留果
瓠瓜在孙蔓上留种瓜，每株一般留l-2条为宜，选留部位一般高于lm，以防瓜接触地面而腐烂，而且种瓜的着生部位应尽可能一致。同时，随时检查种果，及时去掉烂果、病果、发育不良果。
6.2 摘心、整枝、疏果
授粉结束后，留2-3叶摘心。并将其它无效枝打掉；去除植株基部的老叶、病叶，以增强通风透光；摘除未授粉的花蕾和未杂交的果实，每隔几天再进行一次。这一措施既可以防止未杂交花朵的结果，也有利于使植株的养分供应到杂交果实上，促进种瓜成熟，提高种子的饱满度。
7 种子采收
当种瓜外皮变硬，皮色变成老熟瓜固有色泽时可采收种瓜，采收的种瓜一般应按照其原来的着生状态放置室内。经过一段时间后熟后，用钝器（如菜刀）将种瓜剖开，将带种子的瓜瓤放在陶制容器内进行发酵，经过1-2d发酵后，可将种子洗出晾干贮藏。可产杂交种子30-40kg/667平方米。