金针菇管理要求比较高，特别是水分管理，金针菇出菇期水分管理五要素：
一保。当菌丝发到袋底后，立即开袋搔菌，耙去老菌皮，盖湿报纸或地膜进行保湿催蕾。报纸覆盖的，喷水应少量多次每天3-4次），以保持报纸湿润；地膜盖的，可向地面和空间喷水，保持空气湿度90%左右。此期每天开窗通风1次，室温控制在10～14℃，经5-7天菇蕾便大量发生。
二降。当菇蕾长到1～2厘米，即进入抑制生长时期。此时要减少或停止喷水，降低湿度。连续3－5天夜间打开门窗，让冷风进入降温散湿，把室温降到8℃以下（以4-5℃），湿度降到75%左右，使子实体受抑，生长整齐粗壮。
三促。子实体长到3－4厘米，进入伸长期后，每天喷水4－5次。喷水量随菇的长大而增加，掌握空气湿度在90%左右（即子实体基部袋壁附有细水珠为宜），促进子实体迅速生长。同时适当通风，采取干湿交替来抑制菇盖增加和促菇柄伸长。此阶段喷水量应根据天气而定，晴天多喷，雨天少喷，以防因用水过量而发生根腐病、褐斑病和菇体含水过多而降低品质。切忌将水喷洒到菇盖上，发现报纸破损要及时更换，报纸上有积水要立即倒掉，防止菇体接触水滴产生黑斑点，影响商品外观。
四补。菌袋在头潮菇采收后，含水量下降20%～30%，二潮菇采后下降30%～50%。因此，在、二潮菇采收后，要立即向搔菌后的菌袋里喷水补湿。其做法是：连续2-3天，每天2－3次直接朝袋内喷水，每次以菌柱表面湿润为宜，不可使袋内积水。为提高产量，可在水中加少量的尿素、白糖、磷酸二氢钾等，以补充养分。
五浸。采收三潮菇后，菌柱的含水量已降到50%以下，此时可脱去塑料袋，将菌柱置池水中浸泡，待菌柱吸水恢复到原来开袋时的重量时捞起，稍晾干装入袋中。也可直接向袋内注水浸泡，待菌柱吸足水后倒净袋内多余的水。补足水分后再将菌袋重新排放在床架上，盖湿报纸照常管理，这样还可采两潮菇。