平菇畸形主要是管理不当造成的，少数是由菌种退化、变异、病毒感染所致。
畸形菇主类型有：
1、高脚菇菌盖小，分化较差，菇柄较长。发生的原因是原基形成及分化期，菇房缺氧，光照不足，同时温度偏高，影响了菌盖的正常分化和发育。防治方法：加强通风，调节光照和温度。
2、瘤盖菇菌盖表现，主要是边缘有许多颗粒状突起、色浅，菇盖僵硬，生长迟缓，严重时菇盖分化较差，形状不规则，原因是菇体发育温度过低，持续时间较长，致使内外层细胞生长失调。防治方法：调节菇房温度在平菇生长温界限以上，并有一定温差，促进菇体生长、发育、分化。
3、菜花菇菇形象菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化。后期有多分枝。原因是出菇前或出菇期间菇床或菇房喷洒了高浓度的农药，尤其是“敌敌畏”，幼菇极敏感易引起这种病害。也可能是菇房含有其他有害气体：如二氧化碳浓度过高、燃煤释放二氧化硫等。防治方法：菇房慎用农药，使用时浓度不可过高。尤其出菇期不允许使用敌敌畏，加强通风换气、排出有害气体。
4、萎缩菇菇体初期正常，在膨大期即泛黄、水肿状或干缩状，而停止生长，变软腐烂。水肿状原因是湿度过大或有较多的水直接喷在幼小菇体上，使菇组织吸水，影响呼吸及代谢而停止生长死亡。干缩状是因为空气相对湿度较小，通风过强，风直接吹在菇体上，使平菇失水而死亡。或者培养基营养失调，形成大量原基后，有部分迅速生长，其余由于营养供应不足而停滞。防治措施：控制湿度在 80～85%之间，不要向幼小菇体上喷水，不让风直接吹在菇体上。合理配比培养料成分。少数萎缩菇是由于菌种退化，症状是菌盖尚未长足够大即反卷、发黄、萎缩。防治方法：选用优良品种。
5、珊瑚菇原基分化不正常、松散、多细小分支，形状象珊瑚。原因是原基发生时，严重通风不良，光照极弱，氮源欠缺。防治：加强通风和光照调节碳氮比例，添加氮源。