柴胡种子生长阶段有田间小气候和个别植株抗病虫能力的差异，会出现部分弱苗，病虫害株。
柴胡种子处理方法：
柴胡种子寿命较短，播种应用新种子，隔年陈种发芽率极低。种子处理上主要有药剂处理、处理、温水砂藏处理、射线处理。受农村条件限制多采用前三种方法处理，可提高柴胡种子发芽率12．6％--15．4％。药剂处理：用0．8％--1．0％高锰酸钾溶液浸种10--15min，可提高出苗率15．4%。处理：用0．5x10（的负6次方）--1．0x10（的负6次方）细胞分裂素(6--8A) 浸种1d，取出种子用水冲洗干净后播种，可提高种子出苗率12．6%。温水砂藏处理：将种子用35--40℃的温水浸种1d，捞出浮在水面上的瘪粒后，将 1份种子与3份湿砂混合置20--25℃的温度下催芽，约10--12d当一部分种子裂口后播种保证足够苗数。