棉花烂铃由棉铃疫病菌引起，病菌以卵孢子在土壤中和以菌丝在种子中越冬。先经春夏季在土壤中—段腐生生活，到棉花花铃期随雨水贱落到棉铃上进行浸染。所以，雨季早晚和雨量多少是发病轻重的决定条件。致病适温是24～27°C，湿度在56%～均能发病。开始发病在7月下旬或8月上旬，8月中下旬为发病盛期。与降雨关系极大。
棉铃疫病一旦感染，传播极快，近日北方多地又面临大雨，烂铃形势极为严峻。今年北方棉区伏前桃多于往年，为棉铃疫病菌侵染提供了大批适宜受体；去年烂铃重，田间病原多；再加上近期阴雨，有可能重演去年的烂铃悲剧，应高度警惕。
今年不少因旱早发棉田枝短叶小，棉田通透性好，为喷药防烂铃提供了可能。建议趁这类棉田刚开始见病，抓紧降雨间隙喷剂对棉铃进行药剂保护，并减少田间病原。喷洒部位以下部大铃为主；有条件的可于喷药前去掉空枝和下部老叶，提高保铃效果，力争减少烂铃损失。
棉铃疫病菌属病原，喷洒代森锰锌、甲基硫菌灵、多菌灵、丙环唑等剂都有效，加入有机硅等助剂效果更好，并可兼防棉花后期轮纹病。